fa شناسایی نشانگرهای زیستی کلیدی مرتبط با پاسخ‌های دفاعی خیار به پژمردگی آوندی فوزاریومی در راستای امنیت غذایی تخصصي Special پژوهشي Research <h6 dir="RTL" style="text-align:justify; margin-bottom:8px"><span style="font-size:10pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,serif"><span style="font-weight:normal"><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="font-family:&quot;B Nazanin&quot;">پژمردگی آوندی در خیار، ناشی از قارچ </span></span><i>Fusarium oxysporum </i>f. sp. <i>cucumerinum</i> (Foc)<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="font-family:&quot;B Nazanin&quot;">، یکی از عوامل مهم کاهش عملکرد این محصول در سطح جهانی است. کنترل این بیماری بسیار دشوار است و درک سازوکارهای مولکولی مقاومت برای تولید ارقام مقاوم، ضروری است. در این پژوهش، از الگوریتم انتخاب ویژگی لاسو (</span></span>LASSO<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="font-family:&quot;B Nazanin&quot;">) روی داده‌های </span></span>RNA-Seq <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="font-family:&quot;B Nazanin&quot;">&nbsp;(با دسترسی</span></span> PRJNA916850 <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="font-family:&quot;B Nazanin&quot;">) برای شناسایی نشانگرهای زیستی کلیدی مرتبط با مقاومت یا حساسیت به </span></span>Foc<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="font-family:&quot;B Nazanin&quot;"> استفاده شد. این روش با حذف ژن‌های کم‌اهمیت، مجموعه‌ای کوچک و قابل تفسیر از مؤثرترین ژن‌ها را ارائه داد. چهار ژن کلیدی شناسایی شد: دو تنظیم‌کننده منفی (</span></span>LOC101215771<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="font-family:&quot;B Nazanin&quot;"> و</span></span> LOC101209793 <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="font-family:&quot;B Nazanin&quot;">)که حساسیت را افزایش می‌دهند، و دو تنظیم‌کننده مثبت (</span></span>LOC101211117<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="font-family:&quot;B Nazanin&quot;"> و</span></span> LOC101214807 <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="font-family:&quot;B Nazanin&quot;">)که در پاسخ دفاعی و مقاومت نقش دارند. نتایج نشان داد که تلفیق توالی‌یابی آر‌ان‌ای و الگوریتم لاسو، ابزاری مؤثر و کارآمد برای کشف نشانگرهای زیستی مرتبط با بیماری‌های گیاهی است. به‌کارگیری این ژن‌ها در برنامه‌های به‌نژادی، گامی اساسی برای تولید ارقام مقاوم، کاهش وابستگی به آفت‌کش‌ها، تضمین عملکرد پایدار و در نهایت، تقویت امنیت غذایی خواهد بود.</span></span></span></span></span></span></span></h6> <span style="font-size:10.0pt"><span style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,serif">Vascular wilt in cucumber, caused by the soil-borne fungus <i>Fusarium oxysporum</i> f. sp. <i>cucumerinum</i> (Foc), is one of the major causes of yield loss in this crop worldwide. The disease is very difficult to control and understanding the molecular mechanisms of resistance is essential for the development of resistant cultivars. In this study, we used the Lasso Feature Selection (LASSO) algorithm on RNA-Seq data (accession number PRJNA916850) to identify key biomarkers associated with resistance or susceptibility to Foc. This method, by eliminating less important genes, provided a small and interpretable set of the most effective genes. Four key genes were identified: two negative regulators (LOC101215771 and LOC101209793) that enhance susceptibility, and two positive regulators (LOC101211117 and LOC101214807) that play a role in defense and resistance responses. The results showed that the combination of RNA sequencing and the Lasso algorithm is an effective and efficient tool for discovering biomarkers associated with plant diseases. The use of these genes in breeding programs will be a fundamental step in producing resistant varieties, reducing dependence on pesticides, ensuring sustainable yield, and ultimately enhancing food security.</span></span> انتخاب ویژگی, بیماری گیاهی, لاسو, مقاومت, یادگیری ماشین Feature selection, Plant disease, Lasso, Resistance, Machine learning 21 37 http://journalofbiosafety.ir/browse.php?a_code=A-10-911-1&slc_lang=fa&sid=1 Zahra Amjadi زهرا امجدی z.amjadi26@gmail.com 10031947532846004637 10031947532846004637 No Shiraz University دانشگاه شیراز Zahra Zinati زهرا زینتی zahrazinati@shirazu.ac.ir 10031947532846004638 10031947532846004638 Yes Shiraz University دانشگاه شیراز Farideh Farahbakhsh فریده فرح بخش faridehfarahbakhsh63@gmail.com 10031947532846004639 10031947532846004639 No Fars Agricultural and Natural Resources and Education Center مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان فارس