fa آنالیز شبکه هم‌بیانی ژن‌های رمز‌گذار پروتئین‌های تراغشایی و آران‌اهای بلند غیررمزشونده گیاه هالوفیت Suaeda salsa با هدف توسعه کشاورزی شورزیست و امنیت غذایی تخصصي Special پژوهشي Research <h6 dir="RTL" style="text-align:justify; margin-bottom:8px"><span style="font-size:10pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="font-weight:normal"><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">تنش شوری یکی از مهم‌ترین عوامل محدودکننده تولید محصولات کشاورزی در اراضی شور است. با وجود نقش شناخته‌شده پروتئین‌های تراغشایی در حفظ هموستازی یونی، الگوهای هم‌بیانی آن‌ها با آران‌اهای بلند غیررمزشونده در گیاهان هالوفیت هنوز به‌خوبی شناخته نشده است. در این پژوهش، شبکه هم‌بیانی ژن‌های کدگذار پروتئین‌های تراغشایی و آران‌اهای بلند غیررمزشونده دارای بیان تفاضلی در </span></span><i>Suaeda salsa</i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> با استفاده از داده‌های </span></span>RNA-Seq<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> بررسی شد. از میان 4148 ژن دارای بیان تفاضلی، 454 ژن رمزگذار پروتئین‌های تراغشایی شناسایی و 1575 تعامل هم‌بیانی معنی‌دار میان این ژن‌ها و 348 آران‌ا بلند غیررمزشونده دارای بیان تفاضلی شناسایی شد. بر اساس تعداد تعامل‌ها، 208 ژن برای آنوتیشن عملکردی انتخاب شدند. این ژن‌ها عمدتاً در گروه‌های انتقال‌دهنده‌ها و کانال‌های یونی، گیرنده‌ها و پروتئین‌کینازهای غشایی، مسیرهای پیام‌رسانی، فسفریلاسیون و متابولیسم غشا قرار داشتند. همچنین، فراوانی بالای ناقل‌های چندگذر و گیرنده‌های تک‌گذر، اهمیت پروتئین‌های مرتبط با ادراک تنش، انتقال پیام و حفظ هموستازی یونی را نشان داد. نتایج این پژوهش مجموعه‌ای از ژن‌ها و آران‌اهای بلند غیررمزشونده کاندید را برای مطالعات عملکردی آینده معرفی می‌کند و می‌تواند مبنایی برای شناسایی اهداف مولکولی در برنامه‌های به‌نژادی گیاهی و توسعه کشاورزی شورزیست باشد.</span></span></span></span></span></span></span></h6> <span style="font-size:12pt"><span style="background:white"><span style="line-height:normal"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="font-size:10.0pt"><span style="color:black">Salinity stress is one of the major factors limiting agricultural production in saline soils. Although transmembrane proteins are known to play essential roles in maintaining ion homeostasis, their co-expression patterns with long non-coding RNAs (lncRNAs) in halophytes remain poorly understood. In this study, the co-expression network of differentially expressed transmembrane protein-coding genes and long non-coding RNAs in <i>Suaeda salsa</i> was investigated using RNA-Seq data. Among 4,148 differentially expressed genes, 454 transmembrane protein-coding genes were identified, and 1,575 significant co-expression interactions were detected between these genes and 348 differentially expressed lncRNAs. Based on the number of co-expression interactions, 208 genes were selected for functional annotation. Functional analysis showed that these genes were mainly associated with transporters and ion channels, membrane receptors and protein kinases, signaling pathways, phosphorylation, and membrane metabolism. In addition, the high abundance of multi-pass transporters and single-pass receptors highlighted the importance of proteins involved in stress perception, signal transduction, and ion homeostasis. These findings provide a set of candidate genes and lncRNAs for future functional studies and may serve as a valuable resource for identifying molecular targets in plant breeding programs and advancing saline agriculture.</span></span></span></span></span></span></span> بیان ژن, تنش شوری, پروتئین تراغشایی, توالی‌یابی آران‌ا Gene expression, Transmemebrane protein, Salinity stress, RNA-Seq 56 71 http://journalofbiosafety.ir/browse.php?a_code=A-10-939-1&slc_lang=fa&sid=1 Maryam Azizi مریم عزیزی azizi.maryam11@gmail.com 10031947532846004612 10031947532846004612 No Ehsan Mohsenifard احسان محسنی‌فرد mohsenifard.ehsan@znu.ac.ir 10031947532846004613 10031947532846004613 No Kaveh Kavousi کاوه کاووسی kkavousi@gmail.com 10031947532846004614 10031947532846004614 No Mohammad Reza Ghaffari محمدرضا غفاری mrghaffari52@gmail.com 10031947532846004615 10031947532846004615 Yes