ویروس Little cherry virus 1 (LChV-1)  از اعضای جنس Velarivirus در خانواده Closteroviridae  است و یکی از عوامل مهم مرتبط با بیماری میوه‌ریزی گیلاس محسوب می‌شود. با توجه به اهمیت اقتصادی گیلاس در ایران و اطلاعات محدود درباره تنوع ژنتیکی LChV-1 ، مطالعه حاضر با هدف شناسایی و تعیین ویژگی‌های مولکولی و تکاملی یک جدایه ایرانی این ویروس با استفاده از فناوری RNA-seq انجام شد. ژنوم کامل جدایه Urmia ویژگی‌های سازمان ژنومی LChV-1  و جنس Velarivirus  را تایید کرد. تحلیل‌های فیلوژنتیکی بر اساس ژنوم کامل و ژن‌های منتخب، جدایه Urmia را در یکی از گروه‌های فیلوژنتیکی شناخته‌شده LChV-1 قرار داد و نزدیکی آن را با برخی جدایه‌های اروپایی نشان داد. بررسی تنوع ژنتیکی نشان داد که نواحی مرتبط با همانندسازی، به‌ویژه RdRp، نسبت به پروتئین‌های ساختاری از حفاظت بیشتری برخوردارند. تحلیل dN/dS نیز غالب بودن انتخاب طبیعی را در ژن‌های مورد بررسی نشان داد. همچنین، شواهد محاسباتی از وقوع نوترکیبی در جمعیت LChV-1 به دست آمد که بیانگر نقش احتمالی نوترکیبی در ایجاد تنوع ژنتیکی این ویروس است. در مجموع، یافته‌های این مطالعه نشان می‌دهد که ویروس LChV-1  احتمالاً حاصل تعامل جهش، نوترکیبی و انتخاب طبیعی است. این مطالعه اولین گزارش از تعیین ترادف کامل ژنوم ویروس در ایران است.