fa ویژگی‌های مولکولی و تکاملی جدایه ایرانی ویروس میوه‌ریزی گیلاس 1( Velarivirus nanoavii) بر اساس توالی کامل ژنوم تخصصي Special پژوهشي Research <h6 dir="RTL" style="text-align:justify; margin-bottom:8px"><span style="font-size:10pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="font-weight:normal"><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">ویروس </span></span>Little cherry virus 1 (LChV-1)<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">&nbsp; از اعضای جنس </span></span><i>Velarivirus</i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> در خانواده </span></span><i>Closteroviridae</i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">&nbsp; است و یکی از عوامل مهم مرتبط با بیماری میوه‌ریزی گیلاس محسوب می‌شود. با توجه به اهمیت اقتصادی گیلاس در ایران و اطلاعات محدود درباره تنوع ژنتیکی </span></span>LChV-1<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> ، مطالعه حاضر با هدف شناسایی و تعیین ویژگی‌های مولکولی و تکاملی یک جدایه ایرانی این ویروس با استفاده از فناوری </span></span>RNA-seq<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> انجام شد. ژنوم کامل جدایه </span></span>Urmia<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> ویژگی‌های سازمان ژنومی </span></span>LChV-1<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">&nbsp; و جنس </span></span><i>Velarivirus</i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">&nbsp; را تایید کرد. تحلیل‌های فیلوژنتیکی بر اساس ژنوم کامل و ژن‌های منتخب، جدایه </span></span>Urmia<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> را در یکی از گروه‌های فیلوژنتیکی شناخته‌شده </span></span>LChV-1<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> قرار داد و نزدیکی آن را با برخی جدایه‌های اروپایی نشان داد. بررسی تنوع ژنتیکی نشان داد که نواحی مرتبط با همانندسازی، به‌ویژه </span></span>RdRp<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">، نسبت به پروتئین‌های ساختاری از حفاظت بیشتری برخوردارند. تحلیل </span></span>dN/dS<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> نیز غالب بودن انتخاب طبیعی را در ژن‌های مورد بررسی نشان داد. همچنین، شواهد محاسباتی از وقوع نوترکیبی در جمعیت </span></span>LChV-1<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> به دست آمد که بیانگر نقش احتمالی نوترکیبی در ایجاد تنوع ژنتیکی این ویروس است. در مجموع، یافته‌های این مطالعه نشان می‌دهد که ویروس </span></span>LChV-1<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">&nbsp; احتمالاً حاصل تعامل جهش، نوترکیبی و انتخاب طبیعی است. این مطالعه اولین گزارش از تعیین ترادف کامل ژنوم ویروس در ایران است.</span></span></span></span></span></span></span></h6> <span style="font-size:12pt"><span style="background:white"><span style="line-height:normal"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><i><span style="font-size:10.0pt"><span style="color:black">Little cherry virus 1 </span></span></i><span style="font-size:10.0pt"><span style="color:black">(LChV-1), a member of the genus <i>Velarivirus</i> within the family <i>Closteroviridae</i>, is an important virus associated with little cherry disease in <i>Prunus</i> species. Given the economic importance of sweet cherry in Iran and the limited information available on the genetic diversity of LChV-1, this study aimed to characterize an Iranian isolate of the virus at the molecular and evolutionary levels using RNA-seq. The complete genome sequence of the Urmia isolate exhibited the characteristic genomic organization of LChV-1 and the genus <i>Velarivirus</i>. Phylogenetic analyses based on the complete genome and selected genes placed the Urmia isolate within a recognized LChV-1 phylogenetic group and revealed a close relationship with several European isolates. Genetic diversity analyses indicated greater conservation of replication-associated regions, particularly RdRp, compared with structural proteins. The dN/dS analyses indicated that purifying selection predominated across the examined genes. In addition, computational analyses provided evidence for recombination within the LChV-1 population, suggesting that recombination may contribute to the generation of genetic diversity in this virus. Overall, the findings indicate that evolutionary dynamics of LChV-1 are shaped by the interplay of mutation, recombination, and natural selection. This is the first report of the complete genome sequence of LChV-1 from Iran.</span></span><span style="font-size:10.0pt"></span></span></span></span></span></span><br> &nbsp; RNA-seq, ژنوم کامل, فیلوژنی, نوترکیبی, انتخاب طبیعی RNA-seq, complete genome, phylogeny, recombination, natural selection 0 0 http://journalofbiosafety.ir/browse.php?a_code=A-10-919-1&slc_lang=fa&sid=1 Parsa Golabi پارسا گلابی pgolabi08@gmail.com 10031947532846005106 10031947532846005106 No Vali-e-Asr University of Rafsanjan دانشگاه ولی عصر رفسنجان Ahmad Hosseini احمد حسینی hosseini@vru.ac.ir 10031947532846005107 10031947532846005107 Yes Vali-e-Asr University of Rafsanjan دانشگاه ولی عصر رفسنجان Mina Rastgou مینا راستگو m.rastgou@urmia.ac.ir 10031947532846005108 10031947532846005108 No Urmia University دانشگاه ارومیه