fa کاوش پاسخ‌های دفاعی گیاه به بیمارگرها به کمک فناوری RNA-seq تخصصي Special پژوهشي Research <div style="text-align: justify;"><span dir="RTL"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:13.0pt;">گیاهان برخلاف جانوران، سلول‌های دفاعی متحرک نداشته و سیستم دفاعی آنها به‌طور طبیعی قابلیت توسعه و سازگاری در برابر بیمارگرها را ندارد. سیستم ایمنی ذاتی گیاهان بسیار پیچیده و در دو لایه مهم سازمان‌یافته و به سیستم پیام‌رسانی گسترده وابسته است. هر لایه از این سیستم از اجزاء متعددی تشکیل شده که هر یک در زمان مناسب وارد عمل می‌شوند. سدهای دفاعی شیمیایی و فیزیکی که از ورود بیمارگر و بروز آلودگی جلوگیری می‌کنند، انفجار اکسیژنی، بیان پروتئین‌های مرتبط با بیماریزایی و مرگ سلولی برنامه‌ریزی‌شده، همه بخش‌هایی از این سیستم پیچیده هستند. یکی از بهترین راه‌های مطالعه پاسخ‌های دفاعی گیاه به بیمارگر مطالعه الگوی تغییرات بیان ژن در گیاه بیمار نسبت به گیاه سالم در سطح ترانسکریپتوم است. با توالی‌یابی مولکول‌های <span style="font-family:Times New Roman;">mRNA</span><span style="font-family:Tahoma;"> </span>در سلول</span></span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:13.0pt;"> و شناسایی ژن‌های مربوط به این مولکول‌ها می‌توان به الگوی تغییرات بیان ژن‌ها و میزان این تغییرات پس از بروز بیماری پی برد. فناوری پُربرونداد (</span></span></span><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:11.0pt;">High-Through put Technologies</span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:13.0pt;">) </span></span></span><span style="font-family:Times New Roman,serif;"><span style="font-size:11.0pt;">RNA-seq</span></span><span dir="RTL"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:13.0pt;"> با بهره‌گیری از توانمندی‌های توالی‌یابی نسل دوم، امکان شناسایی و کمی‌سازی صدها ژن را در ترانسکریپتوم فراهم می‌کند. این فناوری امروزه به‌عنوان یکی از بهترین ابزارهای مطالعه ترانسکریپتوم برهمکنشی میزبان-بیمارگر و شناسایی ژن‌های درگیر در پاسخ‌های دفاعی گیاهان شناخته می‌شود.</span></span></span></div> <div style="text-align: justify;">Unlike animals, plants do not have mobile defense cells and their immune systems are not naturally capable of developing and adapting to pathogens. The innate immune system of plants is very complex and organized in two important layers and extensively depends on signaling pathways. Each layer is composed of many components, which timely play their roles, chemical and physical barriers preventing pathogens or oxidative bursts, pathogen-related proteins, and programmed cell death that induced after pathogen recognition are all parts of plant complicated immune system. Transcriptome analysis of the plant pathogen interaction and listing differentially expressed genes (DEGs) shed light on the plant complicated responses to pathogens. The high throughput RNA-seq technology, developed after Next-generation sequencing arrival, is of the most used techniques in DEG analysis. Here, the basics and steps of the RNA-seq technique to study of the plant defense responses were summarized.</div> سیستم ایمنی گیاه, برهمکنش گیاه/ بیمارگر, توالی‌یابی آر.ان.اِ, خوانش‌های دوطرفه, آنالیز ژن‌های دارای بیان افتراقی Plant Immune System, Plant/Pathogen Interaction, RNA-seq, Paired end Reads, DEG Analysis. 87 110 http://journalofbiosafety.ir/browse.php?a_code=A-10-527-1&slc_lang=fa&sid=1 fatemeh khelghatibana فاطمه خلقتی‌بناء khelghati50@gmail.com 10031947532846001866 10031947532846001866 Yes PhD in Plant Pathology, Iranian Research Institute of Plant Protection, Plant Protection Lab, Agricultural Research Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran. دکتری بیماری‌شناسی گیاهی، آزمایشگاه گیاه‌پزشکی، موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، کرج، ایران Ahmad Sobhani Najafabadi احمد سبحانی نجف‌آبادی ahmad.sobhani@alumni.ut.ac.ir 10031947532846001867 10031947532846001867 No PhD in Biotechnology, Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran (ABRII), Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran. دکتری بیوتکنولوژی کشاورزی، پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران شاخه اصفهان، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، اصفهان، ایران Kobra Moslemkhani کبری مسلم‌خانی moslemkhany@yahoo.com 10031947532846001868 10031947532846001868 No Associate Professor, Seed and Plant Registration and Certification Institute (SPCRI), Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran دانشیار، موسسه تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، کرج، ایران