fa بررسی تنوع اهداف فاژی و پلاسمیدی سیستم CRISPR/Cas در جنس لوکونوستوک با استفاده از رویکرد In-silico تخصصي Special پژوهشي Research <div style="text-align: justify;"><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:">باکتری‌های جنس </span></span><i><span style="font-size:12.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Leuconostoc</span></span></i><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:"> جزئی از میکروفلور طبیعی اغلب مزارع کشاورزی و محصولات تخمیری هستند. آلودگی توسط انواع دی.ان.ای مهاجم خارجی منجر به شکست فرآیند تخمیر می</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span cambria="" style="font-family:">‌</span><span b="" lotus="" style="font-family:">شود. سیستم <span style="font-size:12px;"><span style="font-family:Times New Roman;">CRISPER/Cas</span></span> از اجزای اصلی سیستم ایمنی باکتری</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span cambria="" style="font-family:">‌</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:">ها است. در این مطالعه مسیر تکاملی سویه</span><span cambria="" style="font-family:">‌</span><span b="" lotus="" style="font-family:">های مختلف جنس <i>لوکونوستوک</i> بر مبنای وقایع ترکیب، حذف و اضافه‌شدگی توالی‌های فاصله‌انداز تحت شرایط فشار انتخابی ارزیابی و تنوع فاژها و پلاسمیدهای مهاجم هدف قرار داده شده توسط سیستم <span style="font-size:12px;"><span style="font-family:Times New Roman;">CRISPER/Cas</span></span> سویه‌های جنس <em><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:Times New Roman;">Leuconostoc </span></span></em>مطالعه شد. بیشترین تشابه از نظر ترکیب توالی تشکیل‌دهنده فاصله‌انداز</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span cambria="" style="font-family:">‌</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:">ها و وقایع اضافه</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span cambria="" style="font-family:">‌</span><span b="" lotus="" style="font-family:">شدگی و حذف در فاصله‌انداز</span><span cambria="" style="font-family:">‌</span><span b="" lotus="" style="font-family:">ها در دو گونه <span style="font-size:14px;"><em><span style="font-family:Times New Roman;">Leuconostoc pseudomesentriodes</span></em></span> و <em><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:Times New Roman;">Leuconostoc gelidum&nbsp; </span></span></em>مشاهده شد. تعداد 45 فاصله‌انداز از سویه <span style="font-size:14px;"><span style="font-family:Times New Roman;">AMKR21 </span></span>گونه <em><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:Times New Roman;">L. gelidum</span></span></em> فاژ <span style="font-size:14px;"><span style="font-family:Times New Roman;"><em>Alteromonas </em>phage JH01</span></span> را هدف قرار دادند که بیشترین میزان تطابق با فاژها بود. همچنین بیشترین تعداد انواع فاژ دارای تطابق، مربوط به فاژهای <span style="font-size:14px;"><span style="font-family:Times New Roman;"><em>Escherchia </em>phage</span></span>&nbsp;بود. در مورد هدف</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span cambria="" style="font-family:">‌</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:">گیری پلاسمیدهای مهاجم، 177 مورد هدف</span><span cambria="" style="font-family:">‌</span><span b="" lotus="" style="font-family:">گیری پلاسمیدهایی از <em><span style="font-size:14px;"><span style="font-family:Times New Roman;">Leuconostoc citreum</span></span></em> توسط سویه <span style="font-size:14px;"><span style="font-family:Times New Roman;">NBRC113246</span></span> گونه <span style="font-family:Times New Roman;"><span style="font-size:14px;"><em>L. gelidum</em></span></span> شناسایی شد که بیشترین میزان مطابقت در بین سویه</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span cambria="" style="font-family:">‌</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:">های مختلف بود. نتایج این مطالعه اهمیت سیستم</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span cambria="" style="font-family:">‌</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:">های ایمنی تطبیقی باکتریایی در پایداری در محیط</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span cambria="" style="font-family:">‌</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:">های حاوی باکتریوفاژ و نیز بهره</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span cambria="" style="font-family:">‌</span><span b="" lotus="" style="font-family:">برداری از این اطلاعات در تعریف&nbsp;فرمولاسیون</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span cambria="" style="font-family:">‌</span></span><span dir="RTL" lang="AR-SA" style="font-size:14.0pt"><span b="" lotus="" style="font-family:">های کاربردی را آشکار کرد. &nbsp; &nbsp; </span></span></div> <div style="text-align: justify;"><i><span style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">Leuconostoc </span></span></i><span style="font-size:10.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times="">genus bacteria are part of the natural microbial flora of fields and fermented products. CRISPR/Cas system is one of the main parts of the bacterial immune system. In this study, the <i>Leuconostoc</i> genus various strains&#39; evolutionary pathways based on composition, acquisition, and deletion events of spacer sequences under selective pressure were evaluated and the diversity of invasive phages and plasmids targeted by the CRISPR/Cas system of <i>Leuconostoc</i> strains was studied. The maximum similarity in terms of composition, acquisition, and deletion events similar pattern between strains within specious detected in <i>Leuconostoc gelidum</i> and <i>Leuconostoc pseudomesenteroides</i>. Forty-five spacers of strain AMKR21 from <i>L. gelidum</i> matched <i>Alteromonas</i> phage JH01 which harbored the highest numbers of spacers targeting phages. Also, the highest number of identified phages by <i>Leuconostoc</i> belonged to Escherichia phages. A plasmid of <i>Leuconostoc citreum</i> was the most frequently targeted plasmid by the analyzed spacers of Leuconostoc and it was matched 177 times by spacers of NBRC113246 from <i>L. gelidum</i>. The results of this study showed the importance of the bacterial adaptive immune system in stability in bacteriophage-contaminated environments and the usage of this information in defining functional formulations.</span></span></div> جنس Leuconostoc, سیستم CRISPR/Cas, تکامل, فاژ, پلاسمید Leuconostoc genus, Adaptive immune system, Genetic diversity, Evolution 15 36 http://journalofbiosafety.ir/browse.php?a_code=A-10-773-1&slc_lang=fa&sid=1 Sara Ghaffarian سارا غفاریان s.ghaffarian@azauniv.ac.ir 10031947532846003464 10031947532846003464 Yes 1- Assistant Professor, Department of Cellular and Molecular Biology, Faculty of Sciences, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran. استادیار گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه شهید مدنی آذربایجان، تبریز، ایران Bahman Panahi بهمن پناهی panahi.lahroodi@gmail.com 10031947532846003465 10031947532846003465 No 2- Assistant Professor, Department of Genomics, Branch for Northwest & West region, Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran (ABRII), Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Tabriz, Iran. استادیار گروه ژنومیکس، پژوهشکده بیوتکنولوژی شمال غرب و غرب کشور(AREEO)، پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (ABRII)، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تبریز، ایران