fa بررسی سیگنال پپتیدهای پری پلاسمیک جهت بیان پپتید تاناتین در Escherichia coli تخصصي Special پژوهشي Research <h6 dir="RTL" style="text-align:justify; margin-bottom:8px"><span style="font-size:10pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="font-weight:normal"><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">بیان پری پلاسمیک پپتیدهای ضدمیکروبی یکی از گزینه</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">‌ها</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">ی مهم در سیستم</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">‌ها</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">ی بیان پروتئین</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">‌ها</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> است. در مطالعه</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">‌ی‌</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> حاضر به منظور پیش‌بینی بهترین سیگنال پپتید برای بیان تاناتین در میزبان </span></span><i>Escherichia coli</i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> از روش</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">‌ها</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">ی بیوانفورماتیک استفاده شد. به‌طوری که توالی 29 سیگنال پپتید از پایگاه‌های اطلاعاتی سیگنال پپتید تهیه شد. از آنجایی که هدف از این مطالعه معرفی سیگنال پپتیدهای بهینه برای بیان پری پلاسمیک بود، بررسی محیطی که پروتئین در آن فعالیت می‌کند، جایگاه برشی، حلالیت، احتمال سیگنال پپتید ترشحی و ویژگی‌های فیزیکی و شیمیایی به ترتیب از طریق نرم افزارهایی همچون </span></span>Signalp6<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">، </span></span>Psort<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">، </span></span>Protein-sol<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">، </span></span>PRED-TAT<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> و </span></span>Portparam<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> مورد بررسی قرار گرفت. در مرحله</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">‌ی‌</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> اول از 29 سیگنال پپتید، 26 مورد از فیلتر </span></span>Signalp6<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> و از </span></span>Psort<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> تنها 2 مورد عبور کردند. بررسی حلالیت و ترشحی بودن سیگنال پپتیدها نشان داد که تنها سیگنال پپتیدهای </span></span>zraP<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> و </span></span>MalE<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> مناسب بودند. در نهایت بررسی خواص فیزیکی شیمیایی نشان دادند که از بین 2 پپتید مورد نظر </span></span>MalE<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> ویژگی</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">‌ها</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">ی مطلوب</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">‌تر</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">ی را نشان داد. در نهایت ‌می‌توان نتیجه گرفت که</span></span>MalE<span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> به عنوان بهترین سیگنال پپتید برای بیان تاناتین ‌می‌باشد. از نتایج به‌دست‌آمده می‌توان برای طراحی سازه</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">‌ها</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">ی بیان پری</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">‌</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">پلاسمیک تاناتین در میزبان </span></span><i>Escherichia coli</i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:"> استفاده کرد. هر چند بررسی</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">‌ها</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">ی آزمایشگاهی جهت تایید نهایی توصیه می</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">‌</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" nazanin="" style="font-family:">شود.</span></span></span></span></span></span></span></h6> <br> <span style="font-size:11pt"><span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span calibri="" style="font-family:"><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="font-family:"Times New Roman",serif"></span></span></span></span></span></span></span> <span style="font-size:12pt"><span style="background:white"><span style="line-height:normal"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="font-size:10.0pt"><span style="color:black">Periplasmic expression of antimicrobial peptides is one of the important options in protein expression systems. In the present study, bioinformatics methods were used to predict the best signal peptide for the expression of thanatin in the host <i>Escherichia coli</i>. So that, the sequences of 29 signal peptides were prepared from signal peptide databases. Since the aim of this study was to introduce optimal signal peptides for periplasmic expression, the environment in which the protein functions, cleavage site, solubility, probability of secretory signal peptide and physical and chemical properties were investigated through software such as Signalp6, Psort, Protein-sol, PRED-TAT and Portparam, respectively. In the first stage, out of 29 signal peptides, 26 passed the Signalp6 filter and only 2 passed the Psort filter. The solubility and secretory properties of the signal peptides showed that only the zraP and MalE signal peptides were suitable. Finally, the physical and chemical properties of the two peptides showed that MalE showed more favorable properties. Finally, it can be concluded that MalE is the best signal peptide for the expression of thanatin. The results obtained can be used to design periplasmic expression constructs of thanatin in the <i>Escherichia coli</i> host. However, laboratory studies are recommended for final confirmation.</span></span><span style="font-size:10.0pt"></span></span></span></span></span></span><br> <br> <span style="font-size:11pt"><span style="line-height:115%"><span calibri="" style="font-family:"><span style="font-size:10.0pt"><span style="background:white"><span style="line-height:115%"><span style="font-family:"Times New Roman",serif"></span></span></span></span></span></span></span> پپتید ترشحی, پروتئین, بیوانفورماتیک Secretory peptide, Protein, Bioinformatics 73 84 http://journalofbiosafety.ir/browse.php?a_code=A-10-889-1&slc_lang=fa&sid=1 Abbas Tanhaeian عباس تنهاییان ab_tanhaeian@yahoo.com 10031947532846004479 10031947532846004479 No Leila Simaei Soltani لیلی سیمایی سلطانی simaei_leila@yahoo.com 10031947532846004480 10031947532846004480 No Seyyedeh Zahra Mousavi زهرا موسوی zaramousavi@yaho.com 10031947532846004481 10031947532846004481 Yes