ظهور نانوفناوری به­‌عنوان یک فناوری نوین با افق‌­های امیدبخش، همواره با نگرانی­‌هایی در زمینه­ ایمنی زیستی و زیست­ محیطی همراه بوده است. به‌ویژه آنکه این فناوری با دستکاری مواد در مقیاس‌های سلولی و مولکولی، ادعای بهبود عملکرد سامانه­های زیستی با اهداف پزشکی و زیست­فناورانه را مطرح می‌­سازد. لذا اطمینان از سلامت این نانوسامانه ­ها براساس مشاهده مواد و اجزای زیرسلولی و مطالعه دقیق ساز و کار­های عملکرد زیستی آنها در مقیاس نانومتری ضروری به نظر می‌­رسد. مزیت میکروسکوپ نوری به‌­عنوان ابزاری مهم در توسعه علوم، امکان مشاهده نمونه‌­های زنده با حداقل اختلال در عملکرد آن‌ها، انعطاف‌­پذیری، حساسیت و اختصاصیت است. اما پراش نور و تاثیر آن بر وضوح، محدودیت اصلی این میکروسکوپ­‌هاست. اخیراً با توسعه روش‌های جدید تصویربرداری با وضوح بسیار بالا مبتنی بر مولکول‌­های حاوی عوامل نشانگر ساختاری به عنوان یک منبع نوری نانومقیاس، شکاف بین قدرت تفکیک میکروسکوپ فلورسنت و الکترونی کاهش چشمگیری یافته است. تصاویر حاصل از این روش‌ها، حاوی اطلاعات ارزشمندی در بررسی کروموزوم، نقشه‌­یابی ژنوم، انتقالات غشایی، تقسیم سلولی، آلودگی­‌های ویروسی و سمیت سلولی است. در این مقاله آخرین پیشرفت‌­های فناورانه در بهبود وضوح میکروسکوپ‌های نوری به مقیاس­ نانو با امید ارتقاء دانش عمومی در حوزه‌­های مختلف پزشکی و زیست­ شناسی معرفی می­‌گردند.