طی سالیان دراز، میکروارگانیسمها نقش مهمی در اقتصاد و بهداشت جوامع داشته و در تولید مواد غذایی و نوشیدنیهای مختلف مورد استفاده قرار گرفتهاند. با گذشت زمان مشخص شد کهمیکروارگانیسمها از طریق واکنشهای شیمیایی مشخص و با کمک آنزیمهای خود میتوانند تغییراتی ویژه در برخی از ترکیبات بوجود آورند که این فرآیند "بیوترانسفورماسیون" یا "دگرگونی زیستی" نامیده می شود. بیوترانسفورماسیون با استفاده از بیوکاتالیستها انجام میشود که ممکن است سلول کامل میکروارگانیسم یا آنزیم استخراج شده از آن باشد. از جمله مزیتهای استفاده از میکروارگانیسمها بعنوان بیوکاتالیست در این فرآیندها، میتوان به خلوص بالای محصول تولیدی، حداقل واکنشهای جانبی و شرایط متعادل فرایند اشاره کرد که سبب برتری نسبی آن نسبت به انواع فرآیندهای سنتزی شیمیایی میشود. از بیوترانسفورماسیون در موارد مختلفی از جمله تولید ترکیبات طبیعی مانند طعم دهندهها، سمیتزدایی از ترکیبات سمی مانند آفلاتوکسین و یا تبدیل ترکیبات به اشکال فعال بیولوژیکی آنها استفاده میشود. از کاربردهای عمده بیوترانسفورماسیون، تولید بیوتکنولوژیکی محصولاتی است که عمدتا به روشهای شیمیایی سنتز میشوند. تولید این محصولات از طرق بیوتکنولوژیکی میتواند پاسخی مناسب به تقاضای مصرف کنندگان در ارتباط با مصرف محصولات طبیعی و قدم برداشتن به سمت "فرآیندهای سبز" باشد.