به دلیل مخاطرات زیست محیطی آفتکشهای شیمیایی، راهکارهای جایگزینی مانند عوامل کنترل زیستی برای برطرف کردن این مشکل ارائه شد است. یکی از این راهکارهای امیدبخش، استفاده از باکتریهای حشره کش مانند Bacillus thuringiensis Berliner (Bt) است. باکتری Bt طی مرحله اسپورزایی، کریستالهای پروتئینی متشکل از گروههای مختلف سموم cry و cyt را ترشح میکند. پروتئینهای Cry برای راسته های حشرات شامل Lepidoptera و Coleoptera، Hymenoptera، Diptera و همچنین نماتدها سمی است. سمیت شدید پروتئینهای Cyt نیز بیشتر بر روی راسته Diptera گزارش شده است. از آنجا که هر نوع سم cry سازوکار مشخصی به عنوان حشره کش دارد، معمولا بر گونههای کمی از یک راسته ویژه تاثیر دارد. به تازگی، پژوهشگران پروتئینهای آفتکش جدیدی (VIP) را که در فاز رشد رویشی باکتری Bt تولید میشوند و سازوکار عملکردی وسیعتری دارند، گزارش کردهاند. این سموم برای طیف وسیعی از راسته Lepidoptera کشنده است. باکتری Bt عوامل بیمارگر مختلفی شامل سموم پروتئینی ترشحی حشرهکش (اگزوتوکسین) نیز تولید میکند. ارتقاء عملکرد سویهها، اجازه تولید محصولات جدید با استفاده از سویههای جدید که کارآمدتر از انواع قدیمی هستند را میدهد. هر چند هنوز پژوهش برای یافتن سویههای جدیدتر و بهتر ادامه دارد. گیاهان زراعی تراریخته که انواع cry و یا cyt را بیان میکنند تجاری شدهاند.