تنش شوری یکی از مهم‌ترین عوامل محدودکننده تولید محصولات کشاورزی در اراضی شور است. با وجود نقش شناخته‌شده پروتئین‌های تراغشایی در حفظ هموستازی یونی، الگوهای هم‌بیانی آن‌ها با آران‌اهای بلند غیررمزشونده در گیاهان هالوفیت هنوز به‌خوبی شناخته نشده است. در این پژوهش، شبکه هم‌بیانی ژن‌های کدگذار پروتئین‌های تراغشایی و آران‌اهای بلند غیررمزشونده دارای بیان تفاضلی در Suaeda salsa با استفاده از داده‌های RNA-Seq بررسی شد. از میان 4148 ژن دارای بیان تفاضلی، 454 ژن رمزگذار پروتئین‌های تراغشایی شناسایی و 1575 تعامل هم‌بیانی معنی‌دار میان این ژن‌ها و 348 آران‌ا بلند غیررمزشونده دارای بیان تفاضلی شناسایی شد. بر اساس تعداد تعامل‌ها، 208 ژن برای آنوتیشن عملکردی انتخاب شدند. این ژن‌ها عمدتاً در گروه‌های انتقال‌دهنده‌ها و کانال‌های یونی، گیرنده‌ها و پروتئین‌کینازهای غشایی، مسیرهای پیام‌رسانی، فسفریلاسیون و متابولیسم غشا قرار داشتند. همچنین، فراوانی بالای ناقل‌های چندگذر و گیرنده‌های تک‌گذر، اهمیت پروتئین‌های مرتبط با ادراک تنش، انتقال پیام و حفظ هموستازی یونی را نشان داد. نتایج این پژوهش مجموعه‌ای از ژن‌ها و آران‌اهای بلند غیررمزشونده کاندید را برای مطالعات عملکردی آینده معرفی می‌کند و می‌تواند مبنایی برای شناسایی اهداف مولکولی در برنامه‌های به‌نژادی گیاهی و توسعه کشاورزی شورزیست باشد.