گروه بهداشت مواد غذایی، دانشکده دامپزشکی، واحد علوم پزشکی تبریز، دانشگاه آزاد اسلامی، تبریز، ایران/ گروه بیوتکنولوژی مواد غذایی، مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی، واحد تبریز، دانشگاه آزاد اسلامی، تبریز، ایران.
چکیده: (234 مشاهده)
سیستمتکرارهایکوتاهپالیندرومیکخوشهایمنظموپروتئینمرتبطباآنیا CRISPR-Cas اهداف ژنتیکی ارزشمندی برای تجزیه و تحلیل فیلوژنی باکتری‌ها در مطالعات همه‌گیری شناسی محسوب می‌شوند. در این مطالعه داده‌های ژنومی 800 توالی سویه‌های کلستریدیوم بوتولینوماز پایگاه داده مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) جمع آوری و حضور و تنوع سیستم‌های CRISPR-Casکامل و توالی‌های فاصله‌انداز و تکرارهای آن در ژنوم‌های ثبت شده برای این باکتری‌ها با روش In-silicoارزیابی شد. همچنین ساختارهای ثانویۀ توالی‌های تکراری بر اساس الگوریتم حداقل انرژی آزاد (MFE) پیش‌بینی شد. بر اساس نتایج، از مجموع 526 ژنوم با آرایۀ CRISPR-Cas کامل، تعداد 306 سویه (58درصد) دارای ژن‌های Casبودند. زیرگروه‌های I-B، I-D، II-C، III-D و III-B در این آرایه‌ها شناسائی شد. یافته‌ها همچنین نشان داد که Cas 6پروتئین اصلی تولید شده توسط مجموعه ژن‌های بیان‌کننده در سیستم‌های CRISPR-Cas مورد مطالعه است و پروتئین‌های متنوع Casتوسط ماژول‌های سازگاری و تداخل در این آرایه‌ها تولید می‌شوند. طول متوسط توالی‌های فاصله‌انداز و تکرار در آرایه‌های CRISPRبه ترتیب 35-30 و 36-30 جفت باز بود. به‌علاوه، پیش‌بینی ساختارهای ثانویه‌ی توالی‌های تکراری نشان داد که زیرگروه II-C، با ساقه‌های بلندتر نسبت به سایر زیرگروه‌ها، تمایل به تشکیل ساختارهای ثانویه RNA پایدارتری دارد.
Sheikholeslami N, Mirzaei H, Khandaghi J, Nami Y, Javadi A. Investigation of CRISPR-Cas Systems Diversity in Clostridium botulinum via Genome Mining Approach. Journal of Biosafety 2024; 16 (4) :17-34 URL: http://journalofbiosafety.ir/article-1-542-fa.html
شیخ الاسلامی نعیمه، میرزائی حمید، خندقی جلیل، نامی یوسف، جوادی افشین. بررسی تنوع سیستم‌های CRISPR-Cas در باکتری کلستریدیوم بوتولینوم با استفاده از رویکرد کاوش ژنی. فصل‌نامه علمي ايمني زيستي. 1402; 16 (4) :17-34
